Immune Epitope Database and Analysis Resource

如何快捷的使用网站进行生物信息分析

Posted by 谭丹 on July 11, 2020

Immune Epitope Database and Analysis Resource网站的使用方法

1. 背景

HLA分型技术 主要组织相容性复合体(MHC)是脊椎动物体内最复杂且具有高度多态性的基因群。1984年George Snell 首次发现小鼠MHC即H-2,1958年Dausset 发现了人的MHC即HLA(人类白细胞抗原)基因。MHC的表达产物称为主要组织相容性抗原,MHC抗原是有核细胞表面膜蛋白分子,对抗原递呈和免疫信号传递起关键作用。

2. 使用步骤

2.1 主页

链接:http://www.iedb.org/home_v3.php

页面指示:

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2.2 T-Cell 表位预测

点击主页右上角T Cell Epitope Predition中的MHC I Binding

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可以按照自己的需求调整选项:

  • Enter protein sequence(s) in FASTA format or as whitespace-separated sequences. 可以粘贴序列,也可以load文件,注意不要有空格或者空白段落;
  • Prediction Method 默认推荐选项即可;
  • MHC source species 选择human
  • Show only frequently occuring alleles 勾选Allele,添加HLA-A*02:01,配套Length选择All lengths
  • Sort peptides 选择 Position in sequence
  • Show 选择 All preditions
  • Output format选择 Text file/HTML table都可以

然后点击提交就可以得到分析表格了。