Davis' Blog

Thinking will not overcome fear but action will.

Immune Epitope Database and Analysis Resource

如何快捷的使用网站进行生物信息分析

Immune Epitope Database and Analysis Resource网站的使用方法 1. 背景 HLA分型技术 主要组织相容性复合体(MHC)是脊椎动物体内最复杂且具有高度多态性的基因群。1984年George Snell 首次发现小鼠MHC即H-2，1958年Dausset 发现了人的MHC即HLA(人类白细胞抗原)基因。MHC的表达产物称为主要组织相容性抗原，M...

Posted by 谭丹 on July 11, 2020

怎样阅读论文

在阅读中寻找科研思路

怎样精读一篇文章 1. 定义 阅读等同于理解，不同层次的阅读对应不同层次的理解——深度阅读导致深度理解，浅显的阅读对应的必然是浅显的理解。 2. 指导思想 批判和创造的，即“怀疑一切”的精神。深度阅读论文，要敢于对论文质疑，质疑论文作者的研究方法、思路、技巧。还要设身处地去想：如果我来写这篇论文，我能用什么方法。 3. 方法 3.0 准备 编写一份论文列表； ...

Posted by 靳秋野 on June 30, 2020

Rethinking Transfer-learning in MIA

迁移学习在医学中的应用

由于成像设备和扫描参数等的不同，医学图像的质量会存在比较大的差异，从而导致模型在某些数据集上性能下降。有什么方法解决这个问题？ 另外，对于医学图像处理，到底是否应该从ImageNet进行迁移学习？ 迁移学习是否能够有效减少标注数据的使用？ 今天，让我们重新思考医学图像处理中的迁移学习。 Transfusion: Understanding Transfer Lea...

Posted by 靳秋野 on June 26, 2020

Rethinking Active Learning

主动学习在医学中的应用

参考博文：周纵苇/xinrui_zhuang/机器之心/jiaotong_jin 背景：目前推广应用的机器学习方法或模型主要解决分类问题，即给定一组数据（文本、图像、视频等），判断数据类别或将同类数据归类等，训练过程依赖于已标注类别的训练数据集。在实验条件下，这些方法或模型可以通过大规模的训练集获得较好的处理效果。然而在应用场景下，能够得到的数据实际上都没有进行人工标注处理，对这些数...

Posted by 靳秋野 on June 26, 2020

Rethinking Multitask learning

对多任务学习的总结和思考

参考Blog：大师鲁/刘通1997/lqfarmer 多任务学习（Multi-Task Learning, MTL）是一种归纳迁移机制，主要目标是利用隐含在多个相关任务的训练信号中的特定领域信息来提高泛化能力，多任务学习通过使用共享表示并行训练多个任务来完成这一目标。一言以蔽之，多任务学习在学习一个问题的同时，可以通过使用共享表示来获得其他相关问题的知识。归纳迁移是一种专注于将解...

Posted by 靳秋野 on June 25, 2020

眼部图像数据集

各模态图像的汇总

在临床医学上，眼科医生依据眼底疾病患者的眼底彩照图像进行详细的筛查与诊断并给出具体的治疗方案。然而，由于每位眼科医生的临床诊断经验存在差异，这将会严重影响人工诊断的效率与效果。甚至，有些地域受限于当地医疗资源，病理性高度近视患者无法得到及时的诊疗，容易造成不可挽回的人眼视力损伤和失明。因此，近年有越来越多的数据集被公开，以期望MIA社区能运用数字图像处理、计算机视觉以及深度学习等领域的...

Posted by 靳秋野 on June 25, 2020

前列腺癌分级评估(PANDA)挑战

格里森评分数据集

前列腺癌 前列腺癌是世界上第二大男性常见癌症，每年有超过35万人死于前列腺癌。降低死亡率的关键是发展更精确的诊断方法。前列腺癌的诊断是基于前列腺组织活检的分级。这些组织样本由病理学家检查并根据格里森分级系统评分。在这个挑战中，你将开发模型来检测前列腺组织样本的图像上的PCa，并使用现有的Gleason分级中最广泛的多中心数据集来估计疾病的严重程度。 图1：例示包含前列腺癌的活检的...

Posted by 靳秋野 on June 25, 2020

自监督文献阅读

重新思考适合医学的自监督方法

自我监督学习有可能彻底改变计算机视觉。它的目标是从未标记的视觉数据中学习好的表示，减少甚至消除收集昂贵的手工标签的需要(Alejandro et al.)。 同域or跨域迁移学习？ 我们总是希望在同一个域内进行迁移学习，以此规避跨域学习中domain gap的风险。 目前为止，之前的医学自监督任务多是在同一个数据集内评估性能，对于性能提升来说，同域迁移显然是更好的选择。 但是...

Posted by 靳秋野 on June 24, 2020

皮肤病数据集

多种皮肤病公开数据集的汇总

皮肤病是发生在皮肤和皮肤附属器官疾病的总称。皮肤是人体最大的器官，皮肤病的种类不但繁多，多种内脏发生的疾病也可以在皮肤上有表现。严重的皮肤病，如恶黑，很可能致人死亡，误诊的后果会非常严重；症状轻的皮肤病（皮损），如痣，很多人不会选择去治疗。但是，很多致死皮肤病和轻微症状皮肤病形态学极其相似（如上面提到的恶黑和痣），因此如果能快速准确地识别皮肤疾病，那么就可以有效挽救患者的生命。 皮...

Posted by 靳秋野 on June 24, 2020

OpenSelfSup入门

如何最方便的使用自监督工具

在上一篇博客当中，我们介绍了如何安装与配置OpenSelfSup 在本片博客中，我们将介绍如何快速入门OpenSelfSup自监督库 如果你对于之前的预备工作有疑问，请参考这篇博文 入门 本页提供有关OpenSelfSup用法的基本教程，如果想要了解更多内容，如在单台计算机上启动多个作业等，请参考官方文档GETTING_STARTED.md。 注意：配置文件中的默认...

Posted by 靳秋野 on June 21, 2020

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自监督 医学数据集 Rethinking
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